創建明治後期（1900年頃）、明治時代に「煙草王」といわれた実業家、村井吉兵衛の邸宅の一部として建築されました。当時の敷地は東はねねの道、南は圓徳院まであったとのことですので、現在の4倍ほど広かったそうです。
村井吉兵衛は事業を多角化し村井財閥を形成するも、昭和初期に起きた昭和恐慌により徐々に事業を縮小することになり、京都や東京にあった邸宅も手放さなければなりませんでした。その際に敷地を4分割してその一部が休兵衛となっています。
建物が現在の所有者に移ったのは昭和31年、作家の火野葦平さんの命名により「料理旅館 川太郎」として開業されました。昭和30，40年代には大変面倒見の良かった女将さんを慕い森繁久彌さんや石原裕次郎さん、吉永小百合さん、浜田光夫さん、高橋英樹さんなど日活で活躍された俳優、女優が数多く利用するようになりました。
それから50有余年、大変多くのお客様をお迎えいたしましたが、平成26年に新たに祇園旅館 休兵衛として新たな出発をすることになりました。現在でも創建当時の面影を門、塀、玄関周りや灯篭、石像など随所に見かけることができます。なかでも中二階の展望部屋（共用リビング２）は著名人の方々も大変気に入られていたようです。当館をご利用の際にはぜひ足をお運びください。